Die Hauptorgel der Basilika St. Aposteln stammt aus dem Jahr 1996 und wurde 2006 durch den Einbau der noch fehlenden drei Chamadenregister von ihrer Erbauerfirma Fischer + Krämer Orgelbau aus Endingen (Kaiserstuhl) vollendet. Sie ist nach der Kölner Domorgel die zweitgrößte Orgel Kölns und gehört zu den größten Orgeln der Region.

Das im Westwerk der Basilika stehende Instrument hat 80 Register, die sich auf vier Manuale (C-a''') und Pedal (C-f') verteilen. Die Spieltraktur ist mechanisch, die Registertraktur und alle Normalkoppeln elektrisch gebaut. Zusätzlich kann die Koppel II/I wahlweise mechanisch oder elektrisch bedient werden. Schwelltritte gibt es für das Brustwerk und das Schwellwerk (hier auch separat für die Rückwand).

Nachdem die ürsprüngliche Setzeranlage durch einen Blitzeinschlag im Juni 2016 zerstört wurde, erhielt die Orgel Anfang 2017 eine neue Setzeranlage (Sinua), die neben den herkömmlichen Setzerfunktionen die Möglichkeit von frei programmierbaren Koppeln und Crescendi, Tasten- und Registerfessel sowie eine unbegrenzte Anzahl von Speicherplätzen bietet.

Durch einen MIDI-Recorder können Orgelwerke eingespielt und auf Knopfdruck von jeder Position in der Basilika aus mittels einer Fernbedienung wiedergegeben werden. Mittels eines je eigenen RFID-Chips können sich verschiedene Organisten im System anmelden und bekommen den ihnen zugeteilten Bereich des Setzers freigeschaltet. Das bisher dem IV. Manual zugeordnete Chamadwerk lässt sich nun wahlweise jedem Manual und dem Pedal zuordnen. Zusätzlich zu den vorhandenen Normalkoppeln wurde die Orgel mit Subkoppeln ausgestattet.

Die Disposition der Orgel lautet